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高通量測序文庫構建試劑

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    2020-12-08 17:22:31
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VAHTS mRNA-seq V3 Library Prep Kit for Illumina

VAHTSmRNA-seqV3LibraryPrepKitforIllumina更短建庫耗時更高效接頭連接效率,更高文庫轉化率更寬模板兼容范圍,RNA起始量可低至10ng?廣泛的物種適用性,可以適用于人,動物,植物等不同物種表1.1μg?、100ng?和10ng的293TTotalRNA分別用VAHTSTM?mRNA-seqv3?LibraryPrepKitforIllumina?以及VAHTST
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VAHTS® mRNA-seq V3 Library Prep Kit for Illumina

更短建庫耗時

更高效接頭連接效率,更高文庫轉化率

更寬模板兼容范圍,RNA起始量可低至10ng

廣泛的物種適用性,可以適用于人,動物,植物等不同物種

表1. 1 μg 、100 ng 和10 ng的293T Total RNA分別用VAHTS® mRNA-seq v3 Library Prep Kit for Illumina以及VAHTS® mRNA-seq V2 Library Prep Kit for Illumina構建文庫。文庫用Qubit定量后,按照相同濃度混樣,用Hiseq X10測序??梢钥吹?,用NR611試劑盒構建的文庫具有具有優于NR601的基因檢出率。

VAHTS® mRNA-seq V3 Library Prep Kit for Illumina是針對Illumina高通量測序平臺定向開發的轉錄組文庫構建專用試劑盒。本試劑盒適用于起始模板量為0.01-4 μg完整度良好的動、植物及真菌等真核生物的總RNA??俁NA樣品經過mRNA分離、mRNA片段化、雙鏈cDNA合成、末端修復、接頭連接、連接產物純化和片段大小分選、文庫擴增等步驟,最終得到適用于Illumina平臺的測序文庫。本試劑盒利用磁珠分選的方式,可以快速獲得特定長度的文庫,能夠滿足不同實驗的個性化需求。試劑盒包括NR1、NR21和NR31三個獨立的包裝,包含文庫構建過程所需要的所有酶和緩沖液,所有組分都經過了嚴格的質量控制和功能驗證,最大程度上保證了文庫構建的穩定性和重復性。

NR 1,2-8°C保存;

NR 21,-20°C保存;

NR 31,-20°C保存。

關鍵詞:
VAHTS mRNA-seq V3 Library Prep Kit for Illumina?
NR611-01/02
未找到相應參數組,請于后臺屬性模板中添加

Q1:FFPE樣本是否可以用該試劑盒建庫?

A1:FFPE樣本中的mRNA會有一定降解,完整度較差,建議使用VAHTSTM  Total RNA-seA (H/M/R) Library Prep Kit for Illumina®( Vazyme #NR603)試劑盒進行文庫構建。

Q2:收到試劑盒后,誤將NR1放置 -20 ℃保存,是否還可以繼續使用?

A2:低溫會破壞磁珠,不可再繼續使用??闪硇胁少弻KVAHTSTM mRNA Capture Beads(Vazyme #N401)。

Q3:關于在進行Agilent 2100 Bioanalyzer、Qubit 及qPCR檢測時,高產量文庫出現過度擴增的解釋。

A3:高產量文庫通常會出現不同程度的過度擴增現象。因為在文庫擴增后期,通常引物被最先耗盡,大量文庫片段在無法結合到引物的情況下,片段之間通過不完全匹配關系退火結合,從而形成部分雙鏈+部分單鏈的雜合鏈,且片段更大。根據不同檢測方式的對應原理,過度擴增產物在Agilent 2100 Bioanalyzer峰型中表現為upper marker之后有輕微翹尾;在Qubit 測定時,單鏈部分不計入有效濃度,但在APCR過程單鏈能夠被有效測定,因此表現為Qubit 測定濃度低于qPCR定量濃度約10%-50%,但以上現象均屬正常,不影響文庫測序和數據分析。

Q4:本試劑盒是否適合用于small RNA文庫制備?

A4:不適用。因為small RNA的長度僅為22 nt左右,而本試劑盒中磁珠抓取片段最低為100bp以上,無法有效富集到small RNA片段。

Q5:文庫進行Agilent 2100 Bioanalyzer質檢,發現產生雙峰,產生的原因?

A5:(1)RNA有雜質殘留,建庫過程中發生降解,到PCR步驟前的有效模板量低,PCR時由于模板不足發生了非特異性擴增。建議將RNA樣品在65℃條件下加熱15 min,檢測是否降解,如果確實為RNA的問題則需要重新提取RNA。

(2)物種本身比較特殊,RNA打斷后片段不是連續且均一的分布,做分選方案時可能分選到了兩個范圍的片段。

(3)特殊物種的mRNA豐度較低,PCR的有效模板較低。建議加大投入量或者做重復樣品到二鏈合成后的純化步驟合并在一起。

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VAHTS DNA Clean Beads
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